Silsilah Thoriqoh - Suatu ketika Kyai Yahya sowan kepada Kyai Dahlan untuk meminta ijazah dzikir untuk menambah amaliyah thoriqohnya. Namun, Kyai Dahlan tidak memberi, justru mengatakan kelak guru thoriqoh akan datang sendiri. Selang waktu 30 tahun dari kejadian itu, datanglah seorang guru thoriqoh yaitu KH. Zainal Makarim, seorang ulama' dari Boyolali. Beliau mengatakan: "Ilmuku tak wehno sampeyan kabeh" (ilmuku saya berikan kepadamu semua). Disitulah Kyai Yahya mendapat ijazah sebagai khalifah dan Mursyid Thoriqoh Qodiriyah wa Naqsabandiyah. Jabatan tersebut dikuatkan oleh pimpinan thoriqoh Mu’tabaroh Indonesia waktu itu, yakni Al-Mukarrom Romo KH. Muslih Mranggen, Semarang, pada 30 Oktober 1967. Berikut merupakan silsilah ijazah mursyid thoriqoh Kyai Muhammad Yahya :
